2020年2月29日，网传一份来自百程旅行网的文件显示，该公司决定关闭公司启动清算准备。在这份名为《关于公司决定关闭公司启动清算准备的通知》中，百程旅行网方面表示，受新冠疫情影响，百程资金不能维持公司继续运转。为此，公司将进行全面善后处理，请员工给予理解和支持，并提前做好自谋出路的准备。请所有员工在3月9日16：00点前完成公司财产归还等事宜和手续。
在联系百程旅行网管理层无果的情况下，2月29日下午，21世纪经济报道通过百程旅行网的值班客服获得证实，上述消息是真的，百程旅行网确实决定关闭公司业务，目前值班客服留守热线和网上帮助乘客处理退款退订事宜。
百程旅行网结业清算的消息引起旅游行业人士一片惋惜之声。毕竟，作为新型出境旅行服务机构，百程旅行网曾在行业内获奖无数，同时与70多家境外旅游局、全球50多家航空公司、30多万家境外酒店、500多家境外合作商建立了良好的关系。
百程旅行网创始人、董事长兼CEO曾松曾创建中国出境游三大批发商之一的“华远国旅”，2012年正式掌舵百程旅行网，并将公司带上新三板。2016年4月23日，百程正式挂牌新三板，证券代码836925.
当时百程提交的公开转让说明书显示，阿里创投持有百程16.47%股份，为百程旅行的第二大股东，百程旅行创始人曾松及其妻子马琳通过天津睿恒顺和百程科技分别间接持有30.42%和3.08%的股权，合计持有33.80%的股权，为百程第一大股东。
百程旅行网的利润状况并没有因为上市而好转。其实在挂牌新三板之前，百程仍是亏损的。根据转让说明提供的数据，2013年、2014年、2015年1月-8月，百程的营收分别为1.8亿元、1.8亿元、1.9亿元，同期净利润分别为-1760万元、-3662万元、-2479万元。
随后两年虽然仍有亏损，但亏损额在减少。2019年3月百程旅游网打算终止挂牌新三板。但是该议案被股东大会否决了，随后恢复股票转让。
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